La ciudad de Oaxaca fue la primera provincia en la República Mexicana que instituye la Escuela de Farmacia, fue en el año de 1927 cuando se crearon las carreras de: Farmacéutico y Profesores de Enfermería y Obstetricia, carreras que daban oportunidad a jóvenes quienes no tenían la oportunidad de realizar una profesión como Medicina o Leyes, que en aquel entonces eran carreras clásicas. Los programas de estudio constaban de tres años de secundaria y cuatro años de materias especializadas en farmacia.
En aquéllos años se consideraba al Farmacéutico como un ayudante del médico, esto impulsó la necesidad de hacer programas más amplios con la finalidad de preparar al farmacéutico como personas preparadas en ciencias y cultura general.
La Escuela de Ciencias Químicas de la UABJO fue creada en 1973, con la finalidad de formar Técnicos en Laboratorio Clínico, los cuales desempeñarían funciones de ayudantes de laboratorios clínicos. Con el objeto da abrir más espacios a los alumnos en el área química, en el mes de septiembre de 1974, se inscribe la primera generación de la Licenciatura en Química.
En año de 1977, da inicio la reestructuración de la Escuela de Ciencias Químicas, dando por resultado la desaparición del Técnico en Laboratorio Clínico, que era una carrera terminal, creándose la carrera de Laboratorista Clínico Biólogo con bachillerato especializado en el Área Químico Biológica, que daba más opciones a los alumnos de ingresar a licenciaturas como Medicina y Veterinaria y otras carreras afines al perfil; proyectándose en ese entonces, la formación de las Licenciaturas de Químico Biólogo Y Químico Agrónomo a expensas de la Licenciatura en Química.
Las licenciaturas de Químico Agrónomo y Químico Biólogo fueron creadas en 1981. La primera generación, de ambas licenciaturas, se inscribió en septiembre de 1981 e inició sus actividades el 8 de octubre de 1981. Como consecuencia del proceso de reestructuración en el que estaba inmersa la Escuela de Ciencias Químicas, la Generación 1985-1989 de LCB fue la última que se inscribió, ya que el objetivo fundamental de la escuela sería, a partir de entonces, la de impartir educación superior para formar profesionistas e investigadores universitarios en el área químico biológica que se insertaran de manera directa en los diversos sectores productivos de nuestra entidad, siendo así, útiles a nuestra sociedad.
Por su escasa demanda, en 1995 desaparece la licenciatura de Químico Agrónomo y se da lugar a la Licenciatura de Químico Farmacéutico Biólogo, la cual responde de manera fundamental a la de coadyuvar al establecimiento e implementación de programas de fomento a la industria químico farmacéutica nacional, impulsar la elaboración de principios activos, fomentar la investigación científica y tecnológica en éste campo, así como, la de formar profesionales que tomen la responsiva correspondiente en la dirección de los establecimientos farmacéuticos del sector privado en nuestra entidad.
La Licenciatura de Químico Biólogo plantea la necesidad de formar profesionales que se desempeñen en los sectores productivos de la industria química y la salud, así como, la de participar y dar impulso a la investigación científica y tecnológica en las áreas mencionadas, por lo que se modifica de manera sustancial la tira de materias.
El 15 de diciembre de 2005, por acuerdo del H. Consejo Universitario, la Escuela de Ciencias Químicas se eleva al rango de Facultad, esto, como consecuencia de la implementación de la Maestría en Ciencias Químico Biológicas que inició actividades el 5 de septiembre de 2005.
El 9 de octubre de 2008 dio inicio el programa de Doctorado en Ciencias Químico Biológicas, el cual tiene como objetivo principal incrementar la capacidad académica de La Facultad.
